Am 26. Juni lief die Waffenruhe ab, und unmittelbar am 29. Juni kurz nach zwei Uhr morgens setzten 2 500 preußische Soldaten mit 600 Booten in einer ersten Angriffswelle über den Als Sund bei Sottrupskov. Die dänischen Einheiten auf der Halbinsel Kær nahmen sofort Kampfhandlungen auf, aber die Verteidigung Alsens war viel zu schwach und viel zu schlecht organisiert. Das Panzerschiff „Rolf Krake“ tauchte nach einer Stunde Kampf auf und konnte die Überführung der preußischen Truppen für kurze Zeit stoppen. Aber da waren bereits ca. 5 000 preußische Mann auf dem Als und bedrängten die dänischen Einheiten. Der Kapitän des Panzerschiffes beurteilte die Schlacht als verloren. Danach segelte er fort um an der Evakuierung der dänischen Truppen teilzunehmen. Die preußischen Truppen trennten im Laufe des Morgens die dänische Verteidigung auf, und um 5.30 Uhr gaben die Dänen die Verteidigung der Insel auf. Die Dänen zogen sich unter ständigem Kampf zurück zur Halbinsel Kekenis. Von hier aus wurden die Truppen im Laufe der nächsten zwei Tage ausgeschifft, und am 1. Juli verließ der letzte dänische Soldat Alsen. Das dänische Heer hatte während des Kampfes um Alsen insgesamt 3 148 Mann verloren (Tote, Verletzte und Gefangene), während die Preußen einen Verlust von 372 Mann hinnehmen mussten.
Die totale dänische Niederlage
Nach dem Verlust Alsens brach Mutlosigkeit in Dänemark aus. Preußen und Österreich hatten nun das komplette Jütland bis hin nach Skagen besetzt, und man fürchtete nun, dass man auch Fünen verlieren würde. Vielleicht war sogar die Insel Sjælland (Seeland) bedroht, daher verbreitete sich der Drang nach einem Frieden um jeden Preis. Die dänische Regierung trat zurück und eine neue wurde gewählt. Die Regierung bat um eine Waffenruhe, welche dann auch am 20. Juli in Kraft trat. Danach wurden Ende Juli Verhandlungen in Wien aufgenommen, welche zum Friedensvertrag führten. Dieser wurde am 30. Oktober 1864 unterschrieben.
Die Sieger zeigten sich während der Verhandlungen gnadenlos und Dänemark musste bedingungslos die Herzogtümer aufgeben. Es wurde den Dänen auch keine Gewähr für die Behandlung der dänischen Teile der Bevölkerung Nordschleswigs zugestanden. Die dänische Niederlage war total.
Dänemark verlor Schleswig, Holstein und Lauenburg, und damit zwei Fünftel der Gesamtgröße des Landes. Die Einwohnerzahl reduzierte sich von 2,6 Millionen auf 1,6 Millionen.
Preußen baut eine kraftvolle Festung bei Düppel
Kurz nach der dänischen Niederlage 1864 errichtete Preußen eine neue Festungsanlage auf Dybbøl Banke und rund um Sonderburg – die Festung Sonderburg-Düppel. Die Forts konnten jedoch auch Schleswig vor einem möglichen dänischen – vielleicht von Frankreich unterstützten- Angriff von Norden hinein in das verlorene Schleswig schützen!
Die Festung bestand aus:
- Einer Reihe vorgeschobener, fester Forts auf Dybbøl Banke – tatsächlich „oben in“ den geebneten, dänischen Schanzen.
- Einer Sammlung starker Anlagen um die Pontonbrücke über den Als Sund zu sichern.
- Eine zusammenhängende Festungslinie, welche die Stadt Sonderburg umgab.
Also eine bedeutend stärkere und widerstandsfähigere Festung als die ursprüngliche dänische Düppeler Stellung aus dem Jahre 1864.