Nachdem er die freudige Nachricht über die Eroberung Düppels erhalten hatte, reiste der preußische König Wilhelm kurze Zeit später nach Schleswig, wo er am 21. April ankam. Am selben Tag hielten die preußischen Soldaten eine Siegesparade zu Ehren des preußischen Königs auf den Feldern zwischen Gråsten und Adsbøl ab. Beinahe 20 000 Mann marschierten in ihren Uniformen der Schlacht mit eroberten Fahnen und mit Eichenlaub an ihren Feldmützen als Zeichen des Sieges an König Wilhelm vorbei.
Die Dänen geben die Fredericia-Festung auf
Nach der Niederlage bei Düppel befahl der dänische Kriegsminister Lundby zu aller Verwunderung den Rückzug der Truppen von der weitaus stärkeren Fredericia Festung. Hierbei handelte es sich um eine eigentlich permanente Festung und um kein verstärktes Werk wie es die Düppeler Stellung gewesen war.
Kriegsminister Lundby wollte mit diesem Beschluss die Verteidigung Alsens und Jütlands stärken. Der Befehl wurde rasch in der Nacht vom 28. auf den 29. April ausgeführt, wobei die Dänen nun die letzte Flankenstellung in Jütland einbüßen mussten. Das dänische Heer hatte auch, mit Ausnahme der 4. Division in Jütland, seine offensiven Möglichkeiten verloren, und war nun gezwungen, sich auf eine passive Verteidigung Alsens und Fünens zu konzentrieren.
Das preußisch-österreichische Heer war nicht länger gezwungen, starke Streitkräfte in Düppel und Fredericia zu halten, sondern konnte sich entscheiden, all seine Kräfte zu konzentrieren. Das dänische Heer war dahingegen gezwungen seine bereits im Vorwege bescheidenen Kräfte in drei Teile aufzuteilen – auf Alsen, Fünen und Jütland.
Die österreichische Marine kommt
Die dänische Marine war bisher absolut dominierend gewesen und ist dadurch in Stand gewesen, die deutschen Häfen zu blockieren. Aber nach monatelanger Vorbereitung war die österreichische Marine nun vom Stützpunkt im Adriatischen Meer durch den englischen Kanal auf dem Weg. Die österreichische Marine war der dänischen Marine zahlenmäßig überlegen, so dass die dänische Herrschaft der See ernsthaft bedroht war.
Die Dänen hatten laufend Meldung über die Seefahrt der österreichischen Marine vom Adrianischen Meer bis zum englischen Kanal erhalten. Deshalb war man darauf vorbereitet, dass die Österreicher bald kommen würden.
Das dänische Geschwader in der Nordsee wurde am 5. Mai verstärkt und umfasste nun zwei Fregatten und eine Korvette. Die Aufgabe des Geschwaders war es, den österreichischen Vortrupp zu treffen, bevor Österreicher sie erreichen konnte. Die Dänen nahmen an, dass sie den österreichischen Vortrupp, welcher aus zwei Fregatten sowie einer Anzahl preußischer Kanonenschiffe bestehen sollte, schlagen können.
Das österreichische Geschwader unter Leitung von Kapitän Tegetthoff hatte den Befehl erhalten, das dänische Geschwader schnellst möglichst anzugreifen. Am Morgen des 9. Mai erhielt Tegetthoff die Meldung, dass sich das dänische Geschwader in den Gewässern bei der Insel Helgoland befinden würde. Daraufhin stach er sofort wieder in See.
Um 10 Uhr sichteten die Dänen zuerst den Rauch des britischen Kriegsschiffes „Aurora“, welches das britische Gewässer rund um Helgoland, das seit 1814 britisch war, behaupten sollte. Kurz darauf wurde auch der Rauch der österreichischen Schiffe gesehen (zwei österreichische Fregatten und drei preußische Kanonenschiffe), und der Kurs wurde direkt gegen diese gesetzt. Das österreichische Geschwader hatte die Dänen ebenfalls gesichtet und nun segelten die zwei Geschwader mit Volldampf gegeneinander. Um 13.45 Uhr eröffneten die Österreicher bei vier Kilometern Abstand das Feuer. In den folgenden Stunden lagen sich die zwei Geschwader gegenüber und es wurde vehement von beiden Seiten gekämpft. Nach und nach begann das dänische Feuer Wirkung zu zeigen, da sich die Dänen auf den Beschuss des österreichischen Kommandoschiffes „Schwarzenberg“ konzentrierten. Gegen 16.00 Uhr musste sich die „Schwarzenberg“ mit brennendem Fockmast aus dem Kampf zurückziehen und richtete den Kurs gen Helgoland, um sich so in neutrale Gewässer zu retten. Die zweite österreichische Fregatte „Radetzky“ trat dazwischen und, durch einen Schaden am Ruder der schnellsten dänischen Fregatte „Jylland“, gelang es, alle Schiffe in das neutrale Gebiet zu retten. Das dänische Geschwader wurde nun zurück nach Norwegen gerufen; danach bewegte sie sich nach Kopenhagen, da nun eine Waffenpause in Kraft trat. Das österreichisch-preußische Geschwader segelte im Schutz der Dunkelheit und mit gelöschten Laternen nach Cuxhaven, wo die Schäden des Kampfes ausgebessert werden sollten.
Verhandlungen und Waffenruhe
Auf Initiative Englands wurden am 25. April Verhandlungen in London (auch: Londoner Konferenz) mit den verwickelten Parteien eingeleitet. In erster Linie wurde eine Waffenruhe vereinbart, welche dann auch am 12. Mai in Kraft trat.
Auf der Konferenz wurden verschiedene Teilungen Schleswigs sowie eine Lösung durch eine Volksabstimmung oder durch ein Schiedsverfahren diskutiert. Ein Schiedsverfahren hätte implementiert, dass eine dritte Partei die Grenze ziehen würde.
Auf der Karte kann man die verschiedenen Grenzverlaufs- und Schlichtungsvorschläge sehen, welche während der Londoner Konferenz im Gespräch waren – inklusive des endgültigen Grenzverlaufes bei Kongeå.
Die Verhandlungen in London brachen am 20. Juni zusammen, da die Dänen keine Lösung durch ein Schiedsgericht akzeptieren wollten. Man beharrte auf eine Grenze bei Danewerk.