Den danske hær deler sig nu i tre dele, hvoraf hovedparten ca. 26.000 går til Dybbøl, da forsvaret her bliver prioriteret højt. Resten går nordpå i Jylland, hvor man deler sig i to grupper, et bevægeligt korps (4. division) som trækker sig tilbage nord for Kongeåen, samt et korps til forsvar af fæstningen Fredericia.
Dybbøl er politisk vigtig, da det nu er den sidste del af hertugdømmet Slesvig, som Danmark holder besat. Dette forventer man vil være en fordel ved eventuelle kommende forhandlinger om en deling af Slesvig.
Dybbøl er samtidig en trussel for de preussisk-østrigske styrker der bevæger sig nordpå i Jylland. Fra Dybbøl kan deres forsyningslinier afskæres, da den danske flåde foreløbig har herredømmet til søs.
De preussisk-østrigske styrker kan desuden aldrig vide hvor hovedparten af den danske hær er placeret. Dette tvinger dem til at afsætte relativt store styrker til belejringen af de to danske fæstninger, da de skal kunne stoppe et eventuelt dansk udfald fra fæstningerne.
De første kampe ved Dybbøl
Den 18. februar foretager preussiske styrker et første mindre angreb på stillingen i forbindelse med anlæggelsen af en pontonbro over Egernsund, som skal sætte preusserne i stand til at besætte hele Broagerland. Det danske panserskib “Rolf Krake” sejler ind i Flensborg Fjord og forsøger at ødelægge den anlagte pontonbro men uden held.
Ved angrebet mod stillingen tager de preussiske styrker en del danske fanger, bl.a. fordi at den danske forpostlinje er dårligt opstillet. De preussiske styrker trækker sig efter angrebet tilbage. Angrebet gentages den 22. februar med endnu større succes. Danskerne mister her 382 mand deraf er 242 usårede fangne – 85 af disse er dog sandsynligvis deserterede slesvigere. Til sammenligning mistede preusserne ved kampen kun 37 mand!
Efter denne kamp trækkes den danske forpostlinje nærmere ind mod de danske skanser, hvilket er en bedre opstilling.
Den 17. marts udvikler et mindre dansk angreb mod nordvest sig til en egentlig kamp, hvor preusserne hurtigt kaster større styrker ind. De danske styrker trænges næsten helt tilbage til skanserækken, så næsten hele terrænet foran stillingen er tabt. Danskerne mister denne dag 667 mand mod preussernes 138 mand.
De moderne preussiske kanoner
Da den preussiske overkommando har stor respekt for danskernes stilling på Dybbøl, beslutter man at indlede en egentlig belejring af stilling med indsættelse af moderne svært belejringsskyts. Dette skal dog først transporteres med tog fra Berlin og til Dybbøl. Fra den 10. marts begynder man anlæggelsen af kanonstillinger på Broagerland ved Gammelmark, da kanoner herfra med stor virkning vil kunne beskyde de danske skanser i flanken. Desuden anlægges nu observationsposter samt en artilleripark bag kanonstillingerne.
Den 15. marts åbner batterierne for alvor ild mod de danske skanser. Den preussiske overkommando forventer, at man kan fordriver danskerne fra skanserne vha. disse nye svære belejringskanoner. Der er tale om 12 og 24 punds (12 og 15 cm) riflede bagladekanoner med rækkevidder på op til 5 km og med en for den tid uhørt præcision.
Den preussiske overkommando må efter et par dages bombardement indse at deres moderne kanoner alene ikke vil kunne fordrive danskerne fra skanserne. Man indstiller sig nu på en længerevarende belejring med bygning af et egentligt angrebsværk foran Dybbølstillingen. Kanonerne på Broagerland får herefter til opgave at hindre danskerne i at vedligeholde og forstærke Dybbølstillingen.
Preusserne graver sig frem mod skanserne
For at skaffe plads til den første parallel i angrebsværket angriber preusserne den sydlige del af skanserækken den 28. marts kl. 3 om morgenen. De danske forposter skal kastes helt tilbage til skanserækken, men danske styrker alarmeres hurtigt og angrebet afvises. Dette sker ikke mindst pga. panserskibet Rolf Krake’s hurtige indgriben i kampen. Derfor må den første preussiske parallel nu anlægges længere fra skanserækken end oprindelig planlagt – næsten 1 km. Parallellen er færdig den 1. april og er beskyttet af 8 bagved anlagte batterier med tilsammen 40 kanoner.
Anlæggelsen af parallellen skal i første omgang aflede danskernes opmærksomhed fra en planlagt overgang til Als ved Ballebro-Hardeshøj, hvor der i dag sejler en færge. Kl. 3 morgen den 2. april skal 20.000 preussiske soldater sejles over Als Fjord i mange mindre både og pontoner. Overgangen dækkes af mange svære belejringsbatterier, som er opført til lejligheden. Vejret er imidlertid temmelig blæsende, så operationen udskydes til næste dag. Vejret er dog ikke blevet bedre, så overgangen aflyses. Var denne dristige operation lykkedes ville de danske styrker i Dybbølstillingen være tvunget til overgivelse, og danskerne ville med et slag have mistet næsten halvdelen af deres hær!
Herefter sætter preusserne alt ind på at angribe Dybbølstillingen frontalt. I de følgende to uger anlægges derfor yderligere tre stormparalleller. Den sidste parallel er færdig den 17. april i en afstand af omkring 220-300 m fra de danske skanser. 126 preussiske kanoner og morterer fordelt i ca. 30 batterier deltager nu i ødelæggelsen af de danske skanser.
Det moderne danske panserskib
Panserskibet Rolf Krake ses her på et af dets ture ind i Vemmingbund. Rolf Krake er den danske flådes første rigtige panserskib. Det er beklædt med 114 mm jernplader på skibets sider, og dækket er beklædt med halvt så tykke jernplader. Skibet er udrustet med 4 stk. 60 pds. glatløbede forladekanoner, der er anbragt i to drejelige tvillingetårne. Skibet er købt i England i 1863, og er på dette tidspunkt et af verdens mest moderne krigsskibe.
Skibet bliver beskudt heftigt fra de preussiske kanoner på Broagerland, men skibets svært pansrede sider kan endda modstå de sværeste preussiske spidsgranater. Skibet er dog sårbart overfor træffere i dækket, der er relativt svagt pansret.
Rolf Krake skal under forsvaret af Dybbølstillingen i 1864 støtte den udsatte danske venstre fløj i stillingen. Dette gør skibet bl.a. med stor succes den 28. marts 1864.