Den 26. juni udløber våbenhvilen, og umiddelbart efter den 29. juni kl. 2 om morgenen sætter 2.500 preussiske soldater med 163 både i første angrebsbølge over Alssund ved Sottrupskov. De danske styrker på Kær halvøen tager straks kampen op, men forsvaret af Als er for svagt og for dårligt organiseret. Panserskibet “Rolf Krake” dukker efter en lille times kamp op og kan for en stund stoppe overførslen af de preussiske tropper. Men da er der allerede omkring 5.000 preussiske tropper på Als og de danske styrker er trængt. Kaptajnen på panserskibet vurderer at slaget er tabt, hvorefter han sejler bort for at deltage i evakueringen af de danske styrker fra Als. De preussiske tropper trævler i løbet af morgenen det danske forsvar op, og kl. 5.30 opgiver danskerne forsvaret af øen og trækker sig under stadig kamp tilbage til halvøen Kegnæs. Herfra udskibes tropperne i løbet af de næste dage, og den 1. juli forlader den sidste danske soldat Als. Den danske hærs tab (døde, sårede og fangne) i forbindelse med kampen om Als blev på i alt 3.148 mand, mens de tilsvarende preussiske tab beløb sig til 372.
Danmarks nederlag er totalt
Efter tabet af Als breder modløsheden sig i Danmark. Preussen og Østrig har nu besat hele Jylland op til Skagen, og man frygter nu, at også Fyn vil gå tabt. Måske er endog Sjælland truet, så kravet om fred for enhver pris breder sig. Den danske regering går af og en ny udpeges. Regeringen anmoder om våbenhvile, og denne træder i kraft den 20. juli. Herefter indledes forhandlinger i Wien fra slutningen af juli, hvilket fører til fredstraktaten, som underskrives den 30. oktober 1864.
Sejrherrerne er nådesløse ved fredsforhandlingerne i Wien, og Danmark må betingelsesløst afstå hertugdømmerne. Der kan end ikke tilstås danskerne garantier for behandlingen af den dansksindede del af befolkningen i Nordslesvig. Danmarks nederlag er totalt.
Danmark mister Slesvig, Holsten og Lauenburg og dermed to femtedele af landets samlede størrelse. Indbyggertallet reduceres fra 2.6 mio. til 1.6 mio.
Preussen bygger en stærk fæstning ved Dybbøl
Kort efter det danske nederlag i 1864 opfører Preussen et nyt fæstningsanlæg på Dybbøl Banke og rundt om Sønderborg – Festung Sonderburg-Düppel. Forterne kan dog også beskytte Slesvig mod et muligt dansk – måske fransk støttet – angreb fra nord ind i det tabte Slesvig!
Fæstningen består af:
- En række fremskudte, stærke forter på Dybbøl Banke – faktisk “oven i” de udjævnede, danske skanser.
- En samling stærke anlæg til sikring af pontonbroen over Alssund.
- En sammenhængende fæstningslinje, der omslutter Sønderborg by.
Altså en betydeligt stærkere og mere modstandsdygtig fæstning end den oprindelige, danske Dybbølstilling fra 1864.